Traumatische Erfahrungen werden vor allem in den impliziten Gedächtnissen gespeichert, der Neocortex (das explizite Gedächtnis) bekommt leider nur Bruchteile mit, was vor sich geht; die Entscheidungen laufen meistenteils automatisch ab und lassen sich vom Verstand kaum noch steuern. Als Betroffener ist wichtig zu wissen, dass dieses nicht mit dem Verstand beeinflusst werden kann, sondern durch einen biologischen Mechanismus automatisch abläuft. Die o.g. Hormone schalten die Funktionsweise des Gehirns vollkommen um. Verstandes-Entscheidungen und -Bewertungen sind in traumatisierenden Situationen körperlich nicht mehr möglich. Soweit sie trotzdem stattfinden, haben sie kaum Einfluss auf das Geschehen, weil die Kontrolle von den impliziten Schaltkreisen übernommen wurde. Dies erklärt auch die häufigen Berichte von Missbrauchten, dass sie sich völlig gegen ihren Willen verhalten haben.

Die Dissoziation des Großhirns ist jedoch nicht der einzige Effekt: Durch die Hormonausschüttung werden die Informationen teilweise nicht mehr vorgefiltert, sondern gelangen uninterpretiert und mit einer höheren "Bitrate" in die Amygdala und die impliziten Gedächtnisse. Die dadurch entstehende Reizüberflutung scheint einen Überlebensvorteil in gefährlichen Situationen zu haben: die impliziten Gedächtnisse suchen permanent nach Aus- und Fluchtwegen.. Dazu werden alle Informationen aufgenommen, die erhältlich sind, auch scheinbar nebensächliche Details. Diese werden nicht vom Großhirn bewertet und interpretiert, sondern von den impliziten Gedächtnissen in roher Form verarbeitet und dort gespeichert.

Dies erklärt nicht nur die hormonell bedingten Symptome, sondern auch die bei Traumatisierten häufig beobachteten dissoziativen Symptome: Das Nicht-Erinnerungsvermögen an Trauma-Situationen wird dissoziative Amnesie genannt. Die Abtrennung des Großhirns vom Nachrichtenfluss bewirkt, dass keine oder nur wenige sinngebenden Bewertungen vorhanden (bzw. physiologisch möglich) sind und auch kaum etwas im expliziten Gedächtnis gespeichert ist. Da die impliziten Gedächtnisse zustandsabhängig arbeiten, werden die dort gespeicherten Informationen nach dem Ende der Lebensgefahr nicht mehr aktiviert; sie scheinen "vergessen" (Amnesie). Charakteristisch für die dissoziative Amnesie ist, dass bewertete und sinnvolle Informationen im Großhirn kaum bis gar nicht vorhanden sind, und auch noch so starkes Nachdenken auf Verstandesebene nichts zu Tage fördern kann. Wer von dissoziativer Amnesie betroffen ist weiß oft nicht von der Existenz des Traumas; Informationen in den impliziten Gedächtnissen werden dann wieder abgerufen (Flashbacks), wenn der Betreffende mit traumarelevanten Reizen z.B. durch einen Auslöser (Trigger) in Berührung kommt.

Die sowohl von Laien als auch von manchen Täter-Lobbyisten geäußerte und verbreitete Ansicht, dass man sich an so einschneidende Erlebnisse wie sexuellen Missbrauch unbedingt erinnern müsste, wird von der Trauma- und Dissoziationsforschung grundlegend widerlegt. Deshalb sollte immer bei vorhandener Amnesie überprüft werden, ob es sich um eine dissoziative Amnesie handeln könnte.